La fortificación cuevana está dominada por la Torre del Homenaje, una estructura defensiva aislada de 18 metros de altura, de planta rectangular y gruesos muros, que en caso de asedio o de peligro constituía el último espacio en el que refugiarse.
La torre era el centro de coordinación de la guarnición de la fortaleza y albergaba las dependencias del cuerpo militar. Desde esta, se controlaba la plaza de armas, las defensas y todos los edificios del recinto. Es sin duda ser el primer elemento construido sobre el emplazamiento que ocupa el castillo y, aunque no se ha realizado un estudio que lo acredite, el origen podría ser romano o medieval.
A la torre se accede desde el Palacio a través de un puente voladizo. Está formada por 4 niveles comunicados por un sistema de escaleras dobles que ofrece mayor versatilidad en las circulaciones entre las distintas plantas, haciendo cada sala independiente y no siendo preciso acceder a cada una de ellas para subir o bajar de nivel.
La estancia accesible desde el puente del palacio y la estancia que ocupa la planta baja presentan sus techos decorados con vigas de madera y revoltones historiados. Estas yeserías reproducen los blasones del I marqués de los Vélez Pedro Fajardo y Chacón, el de su segunda esposa Mencía de la Cueva y el de la tercera Catalina de Silva. Fueron ejecutados con moldes de madera tallada al tiempo que se construyeron los forjados de la torre, y tienen un singular valor por tratarse de uno de los pocos ejemplos de elementos decorativos de techumbre en yeso conservados de comienzos del siglo XVI.